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Um den Jahreswechsel 1944/45 herum überschritten die Alliierten die westlichen und östlichen Reichsgrenzen, wobei die Grenzbewachung zunächst keine große Rolle spielte. Die Alliierten sicherten die öffentliche Ordnung mit Militär und Polizei, während die Grenzsicherung schnell an besondere Organisationen übergeben wurde. Diese setzten vielfach ehemalige Zollgrenzschützer ein, wobei die Alliierten zunächst kein einheitliches Konzept verfolgten. 1947 schlossen sich die amerikanische und die britische Besatzungszone wirtschaftlich zusammen (Bizone), vereinigten den Zollgrenzschutz aber erst 1949 unter Umbenennung in Zollgrenzdienst. Der Zollgrenzschutz/Zollgrenzdienst war schon vorher aus der Finanzverwaltung herausgelöst worden und ging erst 1949 wieder in ihr auf. In der französischen Besatzungszone blieb die von Beginn an Zollgrenzdienst genannte Grenzsicherung Bestandteil der Finanzverwaltung. Nach Gründung der Bundesrepublik Deutschland im Mai 1949 dauerte es noch einige Zeit, bis im August 1950 der Zollgrenzdienst im Westen durch Bundesgesetz wieder den Oberfinanzpräsidenten übertragen wurde.

Zöllner teilten in der Kriegsgefangenschaft das Schicksal der Soldaten und hatten in der Regel Arbeit zu verrichten. Dabei war die Not in den Lagern zunächst oft groß, die Verpflegung schwierig und hygienische Bedingungen schlecht sodass sich Seuchen ausbreiteten, darüber hinaus hatten die Gefangenen vielfach für die Besatzungszeit schwer zu büßen. Die Zöllner gerieten in Lager fernab der Heimat, z.B. in Frankreich, Italien, Großbritannien, Nordafrika, USA, Sowjetunion. Während die ersten schon in den Tagen nach Kriegsende frei kamen, entließ insbesondere die Sowjetunion die letzten Gefangenen erst zu Beginn der 50er Jahre.