Die Grenzbewachung lag zunächst in den Händen der amerikanischen Besatzungstruppen, die schon ab August 1945 einen lokalen zivilen Grenzüberwachungsdienst aus jungen und politisch unbelasteten Personen einrichteten. Die Wachkommandos genannten Formationen trugen Zivilkleidung mit einer Armbinde und der Aufschrift Border Police / Grenzpolizei.

img1373 kIm November hatte die bayerische Regierung auf Geheiß der US-Militärregierung eine Landesgrenzpolizei aufzustellen und durfte den Zollgrenzschutz als Organisation der Finanzverwaltung nicht reaktivieren, da aus Sicht der Amerikaner die Polizei der einzige Waffenträger sein sollte. Man einigte sich darauf, dass der Zoll als Sonderformation der neu gegründeten Landesgrenzpolizei fungierte. Während der Zollgrenzschutz die Zoll- und Devisenvorschriften überwachte und dabei den alten Aufbau in Hauptzollämter, Bezirkszollkommissariate und Grenzaufsichtsstellen nachbildete, kümmerte sich die Polizei mit ähnlichem Aufbau um Personenkontrollen. Die Uniformen waren einheitlich, wobei der ZGS auf dem rechten Kragenspiegel den Buchstaben Z und auf der linken Seite das Rangabzeichen trug.

In Hessen wurde die Grenze ausschließlich von der Hessischen Grenzpolizei bewacht.

Ende der 1940er Jahre übertrugen die westlichen Alliierten den deutschen Organen zunehmend Befugnisse, im September 1948 begann der Parlamentarische Rat mit der Ausarbeitung des Grundgesetzes, im Mai 1949 wurde die Bundesrepublik Deutschland gegründet. Im Laufe des Jahres 1949 ging der Zollgrenzschutz im Zollgrenzdienst der wirtschaftlich vereinigten britischen und amerikanischen Besatzungszone (Bizone) auf, in München wurde die Zollgrenzdirektion Süd errichtet.