Die Hauptbefehlsstelle Nord war seit Mitte 1941 an den Ostgrenzen von Estland und Lettland zur Sowjetunion präsent. Die Wehrmacht bat den ZGS auch die westlichen Ostseegrenzen zu bewachen, was im Januar 1942 der neu gegründete Zollgrenzschutz Ostland übernahm. Leiter war ein Verbindungsbeamter, der wahrscheinlich der Hauptbefehlsstelle Nord unterstand. In Erwartung weiterer Aufgaben wandelte sich im Jahr 1943 die Hauptbefehlsstelle Nord in die Kommandostelle Ostland, die jedoch schon zum Oktober 1943 zur Hauptbefehlsstelle Ostland zurückgestuft wurde.

Der Dienst umfasste im Wesentlichen militärische Aufgaben, Küstensicherung und Grenzsperre mit Unterstellung unter den kommandierenden Admiral Ostland. Mit dem Zurückweichen der Fronten im Osten kam auch der ZGS in Bewegung, wurde aber auf Ersuchen der Wehrmacht auf den baltischen Inseln zur Verteidigung eingesetzt. Zwar noch rechtzeitig von den Inseln evakuiert, blieben die Dienststellen jedoch in Kurland und gerieten später in sowjetische Gefangenschaft.

Dienststellen

Verbindungsbeamter (1942)
   BefSt Arensburg (Kuressaare, Estland)
   BefSt Hungerburg (Narva-Jõesuu, Estland)
   BefSt Reval (Tallinn, Estland)
   BefSt Riga (Lettland)
   Ausbildungs- und Reservekompanie in Arensburg
Kommandostelle in Riga (1943)
   BefSt Arensburg (Kuressaare, Estland)
   BefSt Dorpat (Tartu, Estland)
   BefSt Hungerburg (Narva-Jõesuu, Estland)
   BefSt Ludsen (Lutsi, Lettland)
   BefSt Marienburg (Alūksne, Lettland)
   BefSt Reval (Tallinn, Estland)
   BefSt Riga (Lettland)
   Ausbildungs- und Reservekompanie in Arensburg
Hauptbefehlsstelle in Riga / Werro (1943-44)
   BefSt Arensburg
   BefSt Hungerburg
   BefSt Reval
   BefSt Riga
   Ausbildungs- und Reservekompanie in Arensburg

Statistik
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