Nach dem Ende des Balkanfeldzuges Mitte April 1941 wurden die jugoslawischen Gebiete Kärnten-Krain und Untersteiermark deutschen Zivilverwaltungen unterstellt, die im Auftrag des Oberkommando des Heeres (OKH) tätig wurden.
Bereits im April 1941 rückte der Zollgrenzschutz in die Gebiete ein, wobei alle Befehlsstellen bzw. Hauptzollämter direkt dem Oberfinanzpräsidium Graz unterstanden. Die Gebiete ließen sich nie vollständig befrieden, die Polizeieinheiten und der Zollgrenzschutz hatten hohe Verluste durch Partisanen zu beklagen.
| Bezeichnung | Befehlsstelle Arch |
| Anschrift | ? |
| Feldpostnr. | - |
| Bestehen | ? |
| Stärke | ? |
| Leitung | ? |
| Nachgeordnet |
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| Einsatz | ? |
| Bezeichnung | Befehlsstelle Cilli Hauptzollamt Cilli (Oktober 1941) |
| Anschrift | ? |
| Feldpostnr. | - |
| Bestehen | April 1941 - Mai 1945 |
| Stärke | ? |
| Leitung | Zollrat Georg Saam |
| Nachgeordnet |
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| Einsatz | ? |
| Bezeichnung | Befehlsstelle Krainburg Hauptzollamt Krainburg (Oktober 1941) |
| Anschrift | Alleinstehendes Gebäude am Friedhof Krainburg |
| Feldpostnr. | ? |
| Bestehen | April 1941 - Mai 1945 |
| Stärke | ? |
| Leitung | Regierungsrat Ernst, Regierungsrat Hahn Vertreter: Oberzollinspektor Wüster, später Zollamtmann Boldt |
| Nachgeordnet |
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| Einsatz | ? |
| Bezeichnung | Befehlsstelle Laibach |
| Anschrift | ? |
| Feldpostnr. | 13922 |
| Bestehen | Ca. Oktober 1943 -? |
| Stärke | ? |
| Leitung | ? |
| Nachgeordnet | ? |
| Einsatz | ? |
Darüber hinaus unterstanden dem österreichischen Hauptzollamt Villach folgende Dienststellen in Krain:
- Bezirkszollkommissariat Arnoldstein
- Bezirkszollkommissariat Kronau
- Bezirkszollkommissariat Wocheiner-Feistritz
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