Nach der Eroberung der Ukraine im Deutsch-Sowjetischen Krieg gab das Oberkommando der Wehrmacht (OKW) im Einvernehmen mit dem Reichsfinanzministerium Ende Oktober 1941 den Einsatzbefehl. Der Zollgrenzschutz Ukraine übernahm die südwestliche Grenze, während der Zollgrenzschutz Süd die östliche Grenze sicherte. Die Leitung übernahm ein Verbindungsbeamter, der in militärischen Fragen dem Wehrmachtsbefehlshaber Ukraine unterstand und dessen Stab angehörte. Die Versorgung wurde von der Wehrmacht sichergestellt. Der Zollgrenzschutz hatte die Südgrenze des Reichskommisariats Ukraine lückenlos zu überwachen, militärisch relevante Beobachtungen zu melden, sowie Sabotage und Spionage zu verhindern.
Seitens der Reichsfinanzverwaltung übernahm der Oberfinanzpräsident Troppau die Aufsicht. Aufgrund der Personalknappheit wurden ab Oktober 1942 ukrainische Hilfswillige und im Sommer von der Wehrmacht Soldaten der Wolga-tatarischen Legion übernommen. Im Herbst 1943 musste das Bezirkszollkommissariat Nikolajew an die Front geschickt werden, um die eingedrückten Stellungen zu halten. Gute Dienste leistete ab Oktober 1943 das Zollflugzeug Zoll I. Ab Dezember 1943 nahm die Partisanentätigkeit wegen der näher rückenden Front stark zu, gleichzeitig kam es zu einer besseren Ausrüstung mit Maschinenwaffen. Ab 01.01.1944 übernahm der Zollgrenzschutz Ukraine zusätzlich die Kontrolle der Wehrmachtsangehörigen, um dabei Versprengte und Fahnenflüchtige aufzufangen. Ab März 1944 war der Zollgrenzschutz Ukraine wegen dem allgemeinen Rückzug nicht mehr nötig, wurde zurückgenommen und in Oberschlesien gesammelt, wobei es zu hohen Verlusten kam.