Schon vor Kriegsende hatte der Zollgrenzschutz vielerorts seine Hauptaufgabe, die Grenzbewachung, verloren. Als die besetzten Gebiete ab 1943 verloren gingen, wurde der kontinuierlich und zunächst in anderen Gegenden wie Oberitalien und Adria eingesetzt, dann aber zunehmend in Zollgrenzschutz-Bataillonen zusammengefasst und als kämpfende Truppe verheizt. Um den Jahreswechsel 1944/45 herum überschritten die Alliierten die westlichen und östlichen Reichsgrenzen und setzten eigene Formationen zur Grenzbewachung ein. Ab Mitte 1945 griffen die Besatzungsbehörden nach und nach auf die alten Strukturen der Finanzverwaltung und des Zollgrenzschutzes zurück, wobei die Verantwortlichen kein einheitliches Konzept verfolgten. 1947 schlossen sich die amerikanische und die britische Besatzungszone wirtschaftlich zusammen (Bizone), vereinigten den Zollgrenzschutz aber erst 1949 unter Umbenennung in Zollgrenzdienst, hatten die zöllnerische Grenzaufsicht aber schon vorher aus der Finanzverwaltung herausgelöst. In der französischen Besatzungszone blieb der von Beginn an Zollgrenzdienst genannte Grenzdienst Bestandteil der Finanzverwaltung. Nach Gründung der Bundesrepublik Deutschland im Mai 1949 dauerte es noch einige Zeit, bis im August 1950 der Zollgrenzdienst im Westen durch Bundesgesetz wieder den Oberfinanzpräsidenten übertragen wurde.

Amerikanische Besatzungszone
Britische Besatzungszone
Bizone
Französische Besatzungszone