Mit den Rückzügen im Osten und Westen wurde der Zollgrenzschutz in seiner Rolle als Finanzbehörde und Grenzschutz überflüssig. Aus den zurück strömenden Dienststellen wurden ab etwa Mitte 1944 zahlreiche Zollgrenzschutz-Bataillone gebildet, welche durchweg der Wehrmacht unterstanden.
Möglicherweise versprach man sich eine höhere Kampfkraft und geringeren Organisationsaufwand, wenn man die bestehenden Befehlsketten und Strukturen des Zolls beibehielt und die Dienststellen lediglich militärisch organisierte. Tatsächlich fehlte es jedoch an militärischer Erfahrung, Ausrüstung, Nachschub, schwerer und vor allem einheitlicher Bewaffnung. Aber auch die Überalterung der Einheiten stellte ein Problem dar. Deswegen wurden die Bataillone zunächst nur hinter der Front für Schanz- und Bewachungsaufgaben eingesetzt und hatten bei Fronteinsätzen hohe Verluste zu beklagen.

Regimenter Bataillone Kompanien Sonstige
Regiment 3 *
Regiment Galizien
Regiment Krakau
Bataillon 15
Bataillon 63 *
Bataillon Bayer *
Bataillon Böhmen und Mähren
Bataillon Danzig / Schrappien
Bataillon Flensburg *
Bataillon Grottkau *
Bataillon Grunewald
Bataillon Huber *
Bataillon Kostitz *
Bataillon Krakau *
Bataillon Mehl
Bataillon Mähren (I-V)
Bataillon Moselland *
Bataillon Oberrhein (I-XIV)
Bataillon Oberschlesien (I-IV)
Bataillon Pfetterhausen 1
Bataillon Prädel *
Ersatz-Bataillon Ritschan *
Bataillon Söllner
Bataillon Stern
Bataillon Tarnow
Kompanie Dammerkirch
Kompanie Fuchs *
Kompanie Lothringen *
Kompanie Markirch
Kompanie Massmünster
Kompanie Mallnitz
Kompanie Niedersulzbach
Ski-Kompanie Oberrhein
Kompanie Saal
Kompanie Schirmeck
Kompanie Schlucht
Kompanie Schrenk *
Kompanie Schubel *
Ski-Kompanie Stilfser Joch
Kompanie Tengen
Kompanie Traubendorf *
Kompanie Tschenstochau *
Kompanie Wendrin *
Kompanie Wesserling
Einheit Bold
Einheit Dumonza
Einheit Hamann *
Einheit Lutz
Einheit Schaefer
Einheit Schmidt
Einheit Schröter *
Einheit Schrötter
Einheit Woschke

Die mit einem * markierten Einheiten werden nur in der DRK-Vermisstenbildliste und/oder in der Feldpostübersicht erwähnt. Weitere Informationen sind bisher nicht bekannt.
1 Das Grenzschutz-Btl. Pfetterhausen wird nur in der DRK-Vermisstenbildliste mit einem ca. im Oktober 1944 Vermissten genannt. Mitte November 1944 waren in und um Pfetterhausen für wenige Stunden die Bataillone Söllner und Stern in Kampfhandlungen verwickelt. Das war der einzige Einsatz von ZGS-Bataillonen in dem Ort. Deswegen ist es wahrscheinlich, dass eines von ihnen mit dem Btl. Pfetterhausen identisch ist.