Mit dem allgemeinen Rückzug im Westen und Osten wurde der Zollgrenzschutz in seiner Rolle als Finanzbehörde und Grenzschutz überflüssig. Aus den zurückströmenden Dienststellen wurden ab etwa Mitte 1944 zahlreiche Zollgrenzschutz-Bataillone gebildet, welche durchweg der Wehrmacht unterstanden. Zu diesem Zeitpunkt hatte der Zollgrenzschutz die jüngeren Jahrgänge längst an die Wehrmacht abgegeben und bestand überwiegend aus (Hilfs-)Personal der Jahrgänge vor 1900. Möglicherweise versprach man sich eine höhere Kampfkraft, wenn man die bestehenden Befehlsketten und Strukturen des Zolls beibehielt und die Dienststellen ledglich militärisch organisierte. Tatsächlich fehlte es jedoch an militärischer Erfahrung, Ausrüstung, Nachschub, schwerer und vor allem einheitlicher Bewaffung, auch die Überalterung der Einheiten stellte ein Problem dar. Deswegen wurden die Bataillone oft nur hinter der Front für Schanz- und Bewachungsaufgaben eingesetzt und hatten bei Fronteinsätzen hohe Verluste zu beklagen. Die Benennung scheint uneinhetlich und wechselnd gewesen zu sein. So ist z.B. die Rede von Zollgrenzschutz-, Grenzschutz- und Grenzsicherungsbataillonen. Ferner wurden Überlebende nach verlustreichen Gefechten teils in Wehrmachtseinheiten integriert.

BatailloneKompanienSonstige
Bataillon 15
Bataillon 63
Bataillon Bayer
Bataillon Böhmen und Mähren
Bataillon Danzig
Bataillon Flensburg
Bataillon Grottkau O/S
Bataillon Grunewald
Bataillon Huber / HZA Tilsit
Bataillon Kostitz
Bataillon Krakau
Bataillon Lentschütz
Bataillon Lothringen
Bataillon Mehl
Bataillon Mähren (I-V)
Bataillon Moselland
Bataillon Oberrhein (I-XIV)
Bataillon Oberschlesien (I-IV)
Bataillon Ostpreußen
Bataillon Söllner
Bataillon Stern
Bataillon Pfetterhausen
Bataillon Prädel
Ersatz-Bataillon Ritschan
Bataillon Schröter
Bataillon Tarnow
Ersatz-Komp. Donaueschingen
Kompanie Fuchs
Kompanie Mallnitz
Ski-Kompanie Oberrhein
Kompanie Schrenk
Kompanie Traubendorf
Kompanie Tschenstochau
Kompanie Wendria
Regiment 3
Regiment Galizien
 Regiment Krakau

Zolleinheit Hamann